Em 1207 Francisco começou uma vida de penitência e passou a usar o hábito de penitente. Ele passou dois anos como penitente e assim foi reconhecido pelo bispo Guido de Assis. Em 1221 Francisco escreveu a Primeira Carta aos Penitentes, na qual apresentava orientações gerais para os Irmãos e Irmãs Penitentes que desejam viver uma vida segundo os princípios do Evangelho.

Através dos séculos as congregações franciscanas masculinas e femininas da Ordem Terceira foram surgindo de forma independentes em muitos países da Europa. Em 1447 as fraternidades italianas de franciscanos (homens) penitentes foram unificadas numa única Ordem pelo papa Nicolau V. Os frades estabeleceram sua sede na Basílica de São Cosme e São Damião em Roma no ano de 1512. Atualmente a Ordem é composta de sete províncias; cinco vice-províncias; seis comissariados e três delegações. Temos aproximadamente novecentos frades que vivem, oram e desenvolvem obras de misericórdia em catorze países. Somos uma pequena Ordem, mas uma grande fraternidade: